基因多态性 TRVP1基因多态性在广西汉族人群中的散布
何东明++++++陆永光+++++唐真武+++++蓝子深++++++刘秋霞
[摘要] 意图 剖析广西区域汉族人群瞬时受体电位香草酸亚型1（TRVP1）基因多态性及基因型和单倍型特色，为研讨TRVP1与疾病的联络供给根据。 办法 选用单碱基延伸的聚合酶链反响（PCR）技能和 DNA 测序法，检测207例健康广西汉族人TRVP1基因多态性，剖析广西人群4个位点的基因型和等位基因的散布频率，并与美国国家生物技能信息中心（NCBI）发布的其他人群基因多态性分型数据比较。 成果 广西汉族人群TRPV1基因rs222747、rs224534、rs4790522和rs8065080位点各具有3种基因型。与人类基因组计划发布的欧洲人群、非洲人群、日本人群和北京汉族人群的单核苷酸多态性分型数据比较，广西汉族人群TRPV1基因不同多态性位点的基因型和等位基因频率与其他区域人群的散布比较，差异有统计学含义（P<0.05）。 定论 广西汉族人群中存在TRVP1基因多态性，多态性的散布频率与其他区域人群比较，差异有统计学含义。
[关键词] 瞬时受体电位香草酸亚型1；基因多态性；广西；汉族
[中图分类号] R363 [文献标识码] A [文章编号] 1673-9701（2017）32-0001-04
[Abstract] Objective To analyze the polymorphism of transient receptor potential vanillic acid subtype 1， genotype and haplotype in the population of Guangxi Han population， and to provide the basis for studying the relationship between TRVP1 and and diseases. Methods The polymorphism of TRVP1 gene in 207 healthy Guangxi Han Chinese were detected by polymerase chain reaction（PCR） extended by single base and DNA sequencing. The genotype of 4 loci and the frequency of allele distribution in Guangxi population were analyzed and compared with the gene polymorphism data of other populations published by the National Center for Biotechnology Information（NCBI）. Results There were three genotypes respectively in rs222747， rs224534， rs4790522 and rs8065080 loci of TRPV1 gene in Guangxi Han population. There were significant differences（P<0.05） in genotype and allele frequencies of different polymorphic loci of TRPV1 gene between the Guangxi Han population and those in other regions， compared with the single nucleotide polymorphism typing data of European population， the African population， the Japanese population and the Beijing Han population published in human genome project. Conclusion There are TRVP1 gene polymorphisms in Guangxi Han population， and there is significant difference in the distribution of polymorphism between the Guangxi Han population and the rest of the population.
[Key words] Transient receptor potential vanillic acid subtype 1； Gene polymorphism； Guangxi； Han nationality
瞬時受体电位香草酸亚型1（transient receptor potential family vanilloid subtype 1，TRPV1），又称辣椒素受体（vanilloid receptor subtype1，VR1），归于瞬时感受器电位宗族成员之一，是一个非挑选性配体门控阳离子通道[1]。TRPV1可被辣椒素（capsaicin，CAP）、多种内源性配体及酸、热等影响要素激活，开释多种神经活性肽，进而参加痛觉整合、心血管体系调理、抗炎、调理胃肠功能、抗肿瘤等生理和病理生理进程[2，3]。TRPV1 基因坐落人类 17p13 染色体，多个位点存在非同义单核苷酸多态性[4]。现在国内外已有研讨证明，TRPV1基因多态性与多种疾病密切相关，且基因多态性在不同民族间存在差异[5]。本研讨经过探求TRPV1 基因多态性位点基因型及等位基因频率在广西汉族人群中的散布，并与美国国家生物技能信息中心（NCBI）-HapMap发布的欧洲人群（CEU）、非洲人群（YRI）、日本人群（JPT）及北京汉族人群（HCB）进行比较，为研讨该基因在不同族群中的散布差异，探究疾病在不同人群中的遗传规则供给理论根据。endprint
1 目标与办法
1.1 研讨目标
挑选2015年4月～2015年8月钦州市第二人民医院正常体检者，实验室查看正常，扫除心脑血管疾病及重要脏器疾病者。一切的研讨目标均为广西汉族人群，彼此之间无血缘联络，而且签署知情同意书，经医院道德委员会同意。研讨目标当选规范：（1）广西汉族人群；（2）年纪≥18岁；（3）自愿参加本研讨。扫除规范：（1）智力、听力、肢体活动显着妨碍，不易合作者；（2）兼并严峻疾病，预期寿数<1年者；（3）不肯参加本研讨项目者。本研讨选用便利抽样，共查询正常体检者207例，其中男156例，女51例，年纪22～67岁，平均年纪（33.31±10.72）岁。
1.2 办法
1.2.1 基因组 DNA 提取 研讨目标均用采血管收集静脉血10 mL，按规范办法在1 h内离心，别离红细胞和白细胞至两个1.5 mL塑料管中，-80 ℃冰箱中保存。运用制品化试剂盒，提取血样、安排、细胞、唾液中的DNA。运用Nano Drop 2000仪器进行OD值检测，1.25%琼脂糖凝胶电泳检测，DNA质检合格，转移至96孔板，置于-20℃贮存备用。
1.2.2 引物的规划与组成 根据NCBI上查找的TRVP1 基因rs222747C/G、rs224534A/G、rs4790522A/C及rs8065080 C/T序列，挑选包括位点的序列并输入sequenom公司的引物规划软件Assay design 3.1规划PCR反响和单碱基扩展引物组成。4个位点的上下游引物和延伸引物分别为：5'-ACGTTGGATGTTCTTGTTGGTGAGCTCCTC-3'、5'-ACGTTGGATGACACGAAGTTT- GTGACGAGC-3'、5'-AGCATGTACAATGAGATTCTGAT-3'，5'-ACGTTGGATGACAGCCTCCCTTTAAGA- TGG-3'、5'-ACGTTGGATGAGACTCCTCCTAACACAGAC-3'、5'-tTAACTCGGAAATAGTCTCCA-3'，5'-ACGTTGGATGATGTCCCAGTAGAGACTGAC-3'、5'-ACGTTGGATGCCCCAAGTGAATCTCCTAAC-3'、5'-TTTTTACTCACTTTACTAAACAGT-3'，5'-ACGTTGGATGATGATCCTGAGAGACCTGTG-3'、5'-ACGTTGGATGGACCAAGCTCATTACCTGTG-3'、5'-aaCCGAACAAGAAGACGA-3'。
1.2.3 PCR扩增反响 取1.5 mL EP管中装备PCR master mix，振动低速离心。每个加样孔中参加4 μL PCR master mix，最终参加1 μL模板DNA（20 ng/μL）混匀，发动PCR 扩增反响程序。PCR反响完毕后，将PCR产品用虾碱性磷酸酶（shrimp alkaline phosphatase，SAP）处理，以去除体系中游离的dNTPs。在新1.5 mL EP管中制造碱性磷酸酶处理反响液，在碱性磷酸酶处理完毕后，进行单碱基延伸反响。选用Mass ARRAY Nanodispenser RS1000点样仪，将树脂纯化后的延伸产品移至384-well Spectro CHIP bioarray上，运用MALDI-TOF质谱仪剖析，检测成果运用TYPER4.0软件获取原始数据及基因分型图，并查看数据文件的完整性和正确性。
1.3统计学办法
根据测序的成果直接计算出基因型和等位基因的频率；经过SHEsisPL在线渠道（http：//shesisplus.bio-x.cn/SHEsis.html）进行Hardy-Weinberg（H-W）平衡查验。对契合H-W平衡的位点，比较广西人群与NCBI数据库发布的4组人群（欧洲人群、非洲人群、日本人群及北京汉族人群） TRVP1 基因型及等位基因频率差异，选用 SPSS 13.0 统计学软件进行数据剖析，计数材料组间比较选用χ2查验，P<0.05为差异有统计学含义。
2 成果
2.1 TRPV1基因型检测成果
rs222747位点共有CC、CG、GG等3种基因型，基因型频率分别为34.78%、50.72%和14.49%，C/G等位基因型频率分别为60.14%和39.86%；rs224534位点共有AA、AG、GG等3种基因型，基因型频率分别为60.39%、37.20%和2.42%，A/G等位基因型频率分别为78.99%和21.01%；rs4790522位点共有AA、AC、CC等3种基因型，基因型频率分别为7.73%、44.44%和47.83%，A/C等位基因型频率分别为29.95%和70.05%；rs8065080位点共有CC、CT、TT等3种基因型，基因型频率分别为34.78%、49.76%和15.46%，A/G等位基因型频率分别为59.66%和40.34%。
2.2 不同人群间TRPV1基因多态性比较
rs222747位点基因型和等位基因频率在广西汉族人群和欧洲人群、非洲人群、日本人群、北京汉族人群中的差异具有统计学含义（P<0.05），广西汉族人群杂合子（C/G）基因型频率高于欧洲、非洲人群但低于日本和北京汉族人群，C等位基因频率低于欧洲、非洲人群但高于日本和北京汉族人群；rs224534位点基因型和等位基因频率在广西汉族人群和欧洲人群、非洲人群中的差异具有统计学含义（P<0.05），广西汉族人群杂合子基因型频率（A/G）高于非洲人群但低于欧洲、日本和北京汉族人群，A等位基因频率低于日本和北京汉族人群但高于欧洲、非洲人群；rs4790522位点基因型和等位基因频率在广西汉族人群和欧洲人群、非洲人群中的差异具有统计学含义（P<0.05），广西汉族人群杂合子基因型频率（A/G）低于非洲、欧洲、日本和北京汉族人群，A等位基因频率低于非洲和北京汉族人群但高于欧洲、日本人群；rs8065080位點基因型和等位基因频率在广西汉族人群和欧洲人群、非洲人群、日本人群中的差异具有统计学含义（P<0.05）， 广西汉族人群杂合子基因型频率（A/C）高于非洲人、欧洲、日本和北京汉族人群，A等位基因频率低于日本和北京汉族人群但高于欧洲、非洲人群。见表1～4。endprint
3 评论
现在文献已报导的TRPV1基因多态性位点主要有rs222747、rs224534、rs4790522和 rs8065080[5，6]。rs222747、rs4790522位点的多态性与儿童哮喘和特异性咳嗽相关[5，7]；rs224534与痛觉相关[8]；rs8065080位点的多态性或许影响个别对肠易激综合征的遗传易理性[9]，并与膝关节炎相关[10]。研讨不同人群间 TRPV1 基因多态性及其散布，可为不同人群TRPV1基因多态性与特定疾病的遗传易理性供给理论根据。本研讨样本的TRPV1基因的基因型和等位基因频率契合 Hardy-Weinberg 遗传平衡规律，具有较好的集体代表性。
本研讨发现广西汉族人群与欧洲人群、非洲人群在rs222747、rs224534、rs4790522和 rs806508等4位点多态性散布上均有差异（P<0.05）；广西汉族人群与日本人群在rs222747和 rs806508等2位点多态性散布上存在差异（P<0.05）；广西汉族人群与北京汉族人群的rs222747位点多态性散布上存在差异（P<0.05）。研讨成果标明，广西汉族人群与北京汉族人群、日本人群多态性散布附近，与欧洲、 非洲人群多态性散布差异较大，标明亲缘联络越近，基因型的散布差异越小，契合遗传规律。
基因多态性散布与种族、地理环境、 饮食习惯及生活方式等多种要素相关[11，12]。广西为多民族聚集地，地理环境、饮食习惯及生活方式独具特色，这些要素都或许影响广西汉族人群的基因多态性。多项研讨证明，广西人群的多个基因位点与其他种族、区域人群存在不同程度的差异[13-15]。这种差异或许是导致疾病在不同种族人群间的发病率不同的原因之一，对集体遗传学及人类学的研讨或许起非常重要的效果。
综上所述，剖析我国广西汉族人群TRPV1基因rs222747、rs224534、rs4790522和 rs8065080位点的多态性及其在不同区域人群中的散布差异，有助于加深对集体遗传学的知道，说明基因与疾病的联络，为研讨TRPV1基因相关的特定疾病供给了头绪，为基因检测辅导的个别化精准医治供给根据。
[参考文献]
[1] Pan HL. Sensing Tissue Ischemia：Another new function for capsaicin receptors？[J]. Circulation，2004，110（13）：1826-1831.
[2] 张莉莉，马丽群，祝之明. 瞬时受体电位香草酸亚型1（TRPV1）在心血管体系中的效果[J]. 我国分子心脏病学杂志，2007，7（1）：51-53.
[3] 郑洁，党彤. 生活方式及饮食习惯对肠易激综合征的影响[J].我国临床新医学，2016，9（4）：301-304.
[4] Szallasi A，Blumberg P. Vanilloid （Capsaicin） receptors and mechanisms[J]. Pharmacol Rev，1999，51（2）：159-212.
[5] 王强，白雪涛，徐东刚，等. TRPV1 UTR-3基因多态性与北京汉族儿童哮喘的易理性研讨[J]. 卫生研讨，2009，38（5）：516-521.
[6] Xu GY，Winston JH，Shenoy M，et al. Transient receptor potential vanilloid 1 mediates hyperalgesia and is up-regulated in rats with chronic pancreatitis[J]. Gastroenterology，2007，133（4）：1282-1292.
[7] 張小宁，杨娟，罗征秀，等. 儿童非特异性缓慢咳嗽病因及与TRPV1基因多态性的联络[J]. 我国当代儿科杂志，2012，14（7）：524-528.
[8] Van Esch A，Lamberts M，Te Morsche R，et al. Polymorphisms in gene encoding TRPV1-receptor involved in pain perception are unrelated to chronic pancreatitis[J]. BMC Gastroenterol，2009，9（1）：97-103.
[9] 张志强.辣椒素受体基因多态性与肠易激综合征的相关性[D].兰州大学，2010.
[10] Valdes A，De Wilde G，Doherty S，et al. The Ile585Val TRPV1 variant is involved in risk of painful knee osteoarthritis[J]. Ann Rheum Dis，2011，70（9）：1556-1561.
[11] 罗曼，王进，李桂冰，等.广西区域正常人群SCA3/MJD基因多态性研讨[J].我国临床新医学，2012，5（3）：210-211.
[12] 向阳，郭静，蓝艳，等. 精氨酸加压素基因多态性在广西人群中的散布[J].解剖学报，2016，47（4）：528-533.
[13] 黄华佗，王荣，陆玉兰，等.白细胞介素17A基因rs3748067位点单核苷酸多态性在广西人群中的散布特色[J]. 右江医学，2017，45（4）：389-393.
[14] 向阳，郭静，彭友帆，等. IL-16基因23核苷酸刺进/缺失在广西人群中的散布[J].免疫学杂志，2016，32（9）：825-828.
[15] 陈健明，吴成将，蓝艳，等. CD40L基因rs3092921G/A和rs3092933G/A位点多态性在广西壮族和汉族人群中的散布[J].现代防备医学，2015，42（19）：3551-3554.
（收稿日期：2017-08-22）endprint